On-site monitoring of aquaculture impact on the environment by open-source nanopore eDNA-analysis (AQUAeD) 

I prosjektet har vi utviklet en database med over 1500 prøver fra hele norskekysten og Island, hvor vi har koblet informasjon om makrofauna med mikrobiologisk sammensetning. Resultatet av denne sammenligningen var oppsiktsvekkende, da vi hovedsakelig identifiserte kun to grupper av mikroorganismer. Disse gruppene var imidlertid sterkt assosiert med den økologiske tilstanden til makrofaunaen. Basert på informasjonen fra den store databasen har vi utviklet en spesialisert database for nanopore-sekvenseringsdata. Denne databasen er designet for å predikere tilstanden til makrofauna basert på nanopore-sekvensering. Analysene ga en meget god prediksjon. Parallelt har vi utviklet en protokoll for å rense DNA, som kan gjøres på under 15 minutter ute i felt. Kombinasjonen av disse metodene gir oss nå et komplett oppsett for nanopore-sekvenseringsbasert klassifisering av miljøtilstand. I utviklingen av modellen for nanopore-klassifisering av miljøtilstand ble det funnet at færre enn 10 bakteriegrupper var tilstrekkelig for å kunne gi en nøyaktig klassifisering av tilstanden. Dette åpner for bruk av kvantitativ PCR i stedet for sekvensering, noe som vil være langt enklere å implementere enn sekvensering. I den siste fasen av prosjektet vil vi konstruere og teste ut primere. Vi vil også arbeide videre mot implementering av nanopore-sekvenseringsbasert klassifisering.

AQUAeD i NFR-prosjektbanken