Enhver lokalitet har en helt unik sammensetning av geografisk beliggenhet, bunntopografi, tidevannsdynamikk, vannstrøm og bølgeklima, som til sammen resulterer i den lokale vannstrømmen og -utskiftningen. En god vannstrøm sikrer oksygentilførsel og tilstrekkelig vannutskiftning, hvilket som er avgjørende for god fiskehelse og optimale miljøforhold. Oppdrettslokaliteter kan optimaliseres både med hensyn på fiskehelse og miljøpåvirkning, men også driftssikkerhet. Lokalitetsbehovet endres fortløpende med utviklingen, og dette gjelder også eksponeringsgraden med hensyn på vannstrøm og bølger. God kartlegging av vannstrøm og bølgeklima kan foretas over en eller flere måneder, eller et helt år. Aqua Kompetanse kan bistå med strøm- og bølgeundersøkelser og har en godt sammensatt instrumentpark til å foreta både kort- eller langtidsmåling.
Fjordmiljømodellering
Mange norske fjorder har grunn innløpsterskel og dypere indre fjordområder. Kommunikasjonen mellom bassengvannet innestengt bak terskel og utenforliggende vannmasser kan i noen tilfeller være begrenset, og dermed resultere i liten til moderat bæreevne i forhold til fiskeoppdrett. For å diagnostisere tilstanden i fjordsystemet, samt simulere hvor stor lakseproduksjon fjordsystemet tåler uten at vannkvaliteten blir uhensiktsmessig lav, benyttes modellen «Fjordmiljø». Hyppig dypvannsutskiftning, kraftig tidevannssirkulasjon og kort oppholdstid over terskeldyp kan redusere organisk belasting av utslipp fra kilder som for eksempel fiskeoppdrett (både tradisjonelle matfisk- og settefiskanlegg), kloakk og naturlig avrenning, og vil imidlertid øke fjordens bæreevne. Vannkvalitetsmodellen kvantifiserer miljøeffekten ved å se på endringen i siktedyp og oksygenforhold.
Avfallssedimentering
Aktører innenfor havbruksnæringen som driver med oppdrett av fisk er pålagt å overvåke miljøpåvirkningen fra egen virksomhet. Ved hjelp av modelleringsverktøy kan miljøpåvirkningens fotavtrykk undersøkes, ved at det geografiske omfanget av næringsfluksen fra marine matfiskanlegg estimeres. Topografi og vannstrøm er avgjørende for oppdrettsvirksomhetens påvirkning, og kan variere mye fra lokalitet til lokalitet. Det vil derfor være nødvendig å modellere hver enkel lokalitets miljøpåvirkning, for å optimalisere stasjonsplassering og dermed oppnå hensiktsmessig miljøovervåkning av dagens og framtidige matfiskanlegg. Både beskyttede fjordlokaliteter og mer eksponerte matfiskanlegg kan modelleres.